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Quels sont les tests biologiques disponibles pour diagnostiquer la COVID-19 ?

 

Ces questions/réponses ont été élaborées afin d’orienter le lecteur par rapport aux tests biologiques disponibles pour le diagnostic de la COVID-19.

Qu’est ce que la COVID-19?

  • La COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) est une maladie qui se présente principalement comme une infection des voies respiratoires.
  • Elle est due à un nouveau coronavirus nommé SARS-CoV-2 (virus à ARN simple brin), apparue en décembre 2019 à Wuhan, en Chine.

Comment se transmet la COVID-19 ?

  • Lorsqu’un individu parle, tousse, éternue ou chante, il émet des gouttelettes dans l’atmosphère.
  • Ces gouttelettes peuvent transporter le virus de la COVID-19 et infecter d’autres personnes en pénétrant par la bouche, le nez ou les yeux.
  • Elles peuvent aussi se déposer sur les mains, les objets ou les surfaces (rampes, poignets de porte, interrupteurs…) autour de la personne infectée.
  • Une personne saine se contamine en touchant ces surfaces et en portant ses mains contaminées à ses yeux, son nez ou sa bouche.
  • Attention ! La COVID-19 peut être transmise par des individus qui ne se sentent pas malades ou qui présentent de légers symptômes.

Comment la COVID- 19 se manifeste-elle ?

Formes cliniques

 formes cliniques covid 19

Quelle est la période d’incubation ?

  • La période d’incubation est le temps qui s’écoule entre la contamination (exposition au virus) et l’apparition des premiers signes cliniques de la maladie.
  • Cette période pour le nouveau coronavirus est de 01 à 14 jours avec une moyenne de 05 jours.

Quelle est la durée de contagiosité de la COVID-19 ?

  • La contagiosité est la période durant laquelle une personne porteuse du virus peut contaminer les autres.
  • La contagiosité peut débuter 02 jours avant à l’apparition des signes cliniques
  • La durée de contagiosité varie selon la forme clinique, elle est :
  • En moyenne de 07 jours pour les porteurs sains (sans signes cliniques).
  • De 10 à 14 jours après l’apparition des signes cliniques pour les formes légères à modérées.
  • De 20 à 30 jours après l’apparition des signes cliniques pour les formes sévères.

Quels sont les outils de diagnostic biologique de la COVID-19 ?

Pour poser le diagnostic de la COVID-19, il existe à ce jour 03 types de tests biologiques dont les objectifs et les périodes d’indication diffèrent.

  1. Tests directs
    • Test de référence RT-PCR
    • Tests  antigéniques
  2. Tests indirects
    • Tests sérologiques          

Qu’est ce que la RT-PCR ?

  • RT-PCR (Réaction de Transcription inverse suivie d’une Réaction de Polymérisation en Chaine en temps Réel) est une technique d’analyse de laboratoire  qui permet  de détecter  la présence  d’ARN (génome)  du virus SARS-CoV-2.
  • Elle a une spécificité  et une sensibilité  excellentes par rapport aux autres tests.
  •  Elle est réalisée sur un prélèvement naso-pharyngé à l’aide d’un écouvillon plongé  profondément dans la  narine.
  • Le prélèvement naso-pharyngé peut être effectué en milieu hospitalier ou en laboratoire d’analyses médicales.
  • Dans certaines situations, la RT-PCR peut se faire en milieu hospitalier sur un prélèvement de lavage broncho-alvéolaire, produit d’aspiration endo-trachéale ou de lavage nasal.
  •  La réalisation de la RT-PCR se fait au niveau des laboratoires de sécurité biologique niveau 2 (LSB2). 

Qu’est ce que la sensibilité et la spécificité d’un test biologique dans le diagnostic de la COVID-19 ?

  • Sensibilité

C’est la proportion de personnes atteintes de la COVID-19 correctement détectées par le test. Plus le test est sensible, moins il comporte de faux négatifs.

  • Spécificité

C’est la proportion de personnes non atteintes de la COVID-19 qui sont correctement identifiées par le test. Plus le test est spécifique, moins il occasionne de faux positifs. 

Quels sont les facteurs qui influencent  les résultats de la RT-PCR ?

Certains facteurs peuvent influencer les résultats de la RT-PCR et peuvent être  à l’origine de rares cas de faux positifs ainsi que de faux négatifs:

facteurs influencent résultats RT PCR

Quand la RT-PCR est demandée ?

La RT-PCR est prescrite médicalement au cours des 7 premiers jours après l’apparition des signes cliniques.

Selon l’instruction ministérielle n° 17/DGSSRH du 10 juin 2020, elle est prescrite chez :

1. Tous les patients répondant à la définition du cas suspect afin de s’assurer qu’il s’agit d’un cas confirmé.

2. Tous les patients répondant à la définition du cas probable même après le début du traitement.

Les cas suspects et probables sont définis, selon la note ministérielle n°47 du 27 décembre 2020 comme suit :

a.Cas suspect

Toute personne avec :

  • Au moins un des symptômes majeurs d’apparition aigue suivants : toux, dyspnée, douleurs thoraciques, anosmie ou dysgueusie, sans autre cause évidente. 

Ou

  • Au moins deux des symptômes mineurs (fièvre, douleurs musculaires, fatigue, rhinite, maux de gorge, maux de tète, anorexie, diarrhée aqueuse, confusion aigue, chutes répétées), sans autre cause évidente.

 Ou

  • Une aggravation des symptômes respiratoires chroniques (BPCO, asthme, toux chronique….), sans autre cause évidente.

Ou

  • Toute personne présentant une infection respiratoire aigue quelle que soit sa gravité, dans les 14 jours suivant l’une des expositions suivantes :

- Un contact étroit avec un cas confirmé ou probable de COVID-19, pendant que ce dernier était symptomatique.

-Toute personne ayant travaillé ou ayant séjourné dans un service hospitalier de prise en charge des cas d’infection COVID-19.

 b. Cas probable :

Dans la situation où le test de diagnostic virologique n'a pu être effectué pour quelque raison que ce soit : 

  • Tout cas répondant à la définition du cas suspect avec des images typiques à l’examen tomodensitométrique thoracique à type d’opacités en verre dépoli avec aspect en plage/ nodulaire.

3. Les personnes entrant en Algérie, ressortissants ou étrangers doivent présenter, à leur arrivée, une RT-PCR de moins de 36 heures. (bulletin épidémiologique N°214 du 24 mai 2021 de l’Institut National de Santé Publique INSP)  

 

Qu’est ce qu’un Test de Diagnostic Rapide Antigénique (TDR-Ag) ?

  • C’est un test immunologique de diagnostic rapide antigénique prescrit médicalement, permettant de détecter les protéines du virus SARS-CoV-2.
  • C’est un test avec une spécificité élevée et une sensibilité variable (selon la charge virale), qui doit répondre aux exigences minimales de performance recommandées par I'OMS et être évalué et validé par l'lPA (Institut Pasteur d’Algérie).
  • Il est réalisé sur un prélèvement naso-pharyngé.
  • Le prélèvement se fait au niveau des laboratoires d’analyses médicales, ou au niveau des structures de santé.
  • Le résultat est prêt en moins de 30 min avec un coût faible par rapport à la RT-PCR.

Quand le TDR-Ag est demandé et comment interpréter les résultats ?

Le TDR –Ag est demandé:

  • Pour poser le diagnostic de la COVID-19:

- Au début de la maladie (jusqu’au 5ème jour voire 7ème jour), pour toute personne présentant des signes cliniques en faveur de la COVID-19.

- Lorsque le résultat du test de référence (RT-PCR) ne peut être obtenu dans un délai de 48h.

  • Dans le cadre d’un dépistage :

- Des sujets contacts (01 à 02 jours) avant l’apparition des signes cliniques.

- Des formes asymptomatiques pour les personnes contacts détectées, isolées au sein d’un cluster (foyer de contagion).

- Chez les personnels de santé de par leur exposition au risque.

Un résultat du test TDR-Ag du SARS-CoV-2 positif permet de confirmer le diagnostic de l'infection Covid-19 vu la spécificité du test.

Un résultat de TDR-Ag du SARS-CoV-2 négatif ne permet pas d'exclure avec certitude une infection active par le virus de la COVID-19.

En cas de forte suspicion, il faut confirmer ce résultat par une RT-PCR vu la sensibilité du test.

Quels sont les facteurs qui influencent le résultat des TDR-Ag ?

De très rares cas de faux positifs ainsi que de faux négatifs peuvent être observés. 

facteurs influencent résultat TDR Ag

Qu’est ce qu’un test sérologique ?

  • Le test sérologique est un test qui permet de détecter la présence d’anticorps anti SARS-CoV-2 dans le sang.
  • Cette présence témoigne d’un contact antérieur de la personne avec le virus.
  • Les anticorps détectés sont de type IgM et IgG ; les IgM apparaissent plus précocement que les IgG.
  • Ce sont des tests indirects qui permettent d’orienter le diagnostic.

Quels sont les tests sérologiques utilisés dans la COVID-19 ?

Il existe deux types de tests sérologiques :

- TEST AUTOMATISABLE ELISA(Enzyme- Linked Immunosorbent Assay) :test de 1ère intention

- TESTS RAPIDES :  - TRD  : Test Rapide de Diagnostic

                              - TROD : Test Rapide d’Orientation de Diagnostic

  1. Test automatisable ELISA
    • C’est une technique de dosage d’immunoabsorption par enzyme liée.
    • C’est un test quantitatif de performance avec une excellente spécificité et une sensibilité dépendante du délai de sa réalisation qui varie entre 07 et 14 jours suivant l’apparition des signes cliniques.
    • Il est réalisé:
      • Sous prescription médicale
      • Sur un prélèvement sanguin à partir d’une prise de sang (plasma ou sérum)
      • Dans des laboratoires d’analyses de biologie médicale
    • Le résultat est obtenu en quelques heures.
  2. Tests rapides
    • Ce sont des tests basés sur une technique immuno chromatographique.
    • Ils sont présentés sous forme de dispositif ressemblant à celui du test de la glycémie.
    • Ils permettent la détection d’anticorps anti SARS-CoV-2 qualitativement.
    • Ils peuvent être réalisés au delà du 14ème jour suivant l’apparition de signes cliniques.

Quand les tests sérologiques sont-ils demandés ?

a. Test ELISA

Il est indiqué :

  • Dans le diagnostic de rattrapage de patients symptomatiques sans signes de gravité suivis en ambulatoire mais chez qui un test RT PCR n’a pas pu être réalisé avant le 7ème jour.
  • Chez les personnes asymptomatiques qui ont été en contact avec un cas confirmé ou suspect de la COVID-19.
  • Dans une enquête séro-épidémiologique.

b. Tests rapides TRD ET TROD

  • Ils sont indiqués en moyenne 14 jours après l’apparition des symptômes chez les patients confirmés sans signes de gravité ou suspects de la COVID-19.
  • Le test TRD a les mêmes indications que le test ELISA.
  • Le test TROD est indiqué chez les patients confirmés ou suspects de la COVID-19 avec difficulté d’accès à un laboratoire d’analyse de biologie médicale.

N.B : Il est nécessaire après un TROD positif de confirmer le résultat par un test sérologique ELISA ou TRD de référence.

Quels sont les avantages et les inconvénients des tests sérologiques ?

  1. AVANTAGES
    1. Facilité de sa réalisation
    2. Rapidité d’obtention du résultat.
    3. Coût moindre par rapport à la RT-PCR
  2. INCONVÉNIENTS
    1. Ne permettent pas de statuer sur une potentielle immunité protectrice ni sur sa durée.
    2. Ne portent pas d’information sur la contagiosité.
    3. Inconvénients du Test TROD:
      • Le manque de données sur la fiabilité ainsi qu’une absence de garantie de traçabilité des résultats ont été constatés.
      • La difficulté d’interprétation des résultats par l’utilisateur.

Quels sont les signes biologiques non spécifiques de la COVID-19 ?

Il existe également plusieurs signes biologiques utilisés en première ligne permettant une orientation diagnostique en faveur de la COVID-19 :

a. Hémogramme

  • Une perturbation de l’équilibre leucocytaire avec une augmentation ou une diminution des globules blancs est le plus souvent observée.

- Une lymphopénie considérée comme un signe de mauvais pronostic est signalée dans les formes sévères à critiques.

  • Une diminution du nombre de plaquettes (thrombocytopénie modérée) peut également être observée.

b. Bilan Inflammatoire

Augmentation des marqueurs inflammatoires (CRP, ferritine, LDH, Fibrinogène, etc.).

c. Bilan Hépatique

Augmentation des enzymes hépatiques (ASAT/ALAT), Bilirubine totale, TP.

d. Bilan Rénal

  • Perturbation de l’urée et de la créatinine pouvant être en rapport avec une insuffisance rénale aigue.
  • Une élévation de la CPK peut également être associée.

e. D-Dimères

Leur augmentation est un marqueur de complications thrombo emboliques veineuses.

f. Troponines

Augmentation des troponines est en faveur d’une défaillance cardiaque.